不同种类的中药浸泡时间不同。红花、鱼腥草等花草类中药，浸泡15～20分钟即可；浙贝母、山药、法半夏等根茎类中药，因富含淀粉，浸泡时间则稍长些；一些动物类中药，如乌鞘蛇、土鳖虫等，要浸泡半小时以上。
通常一个药方会涵盖花草类、根茎类、动物类几种中药，所以浸泡要采取“折中”的原则，可先大致分类，兼顾大多数中药的特性即可。如果按季节分，春秋季一般泡30～60分钟，冬天不要超过60分钟，且应使用温水浸泡，而夏天因天气较热，浸泡过久药物易变质，因此控制在30分钟以内即可。
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